En 1660 se fundó la Academia Sevillana del Arte de la Pintura. La academia desapareció en la década de 1690.El patrimonio de la misma fue depositado en la Hermandad de San Lucas, del gremio de los pintores. En 1759 un grupo de artistas decidió volver a fundar una academia como la del siglo XVII para dar clases de pintura, escultura y arquitectura, con el nombre de Escuela de Tres Nobles Artes. En 1827 se aprobó un nuevo reglamento estatal para las academias. En 1843 esta escuela recibió el rango de academia y reformó sus estatutos, pasando a llamarse Real Academia de Bellas Artes de Santa Isabel. En 1844 la academia creó una organización aparte como Escuela de Bellas Artes, y la academia se centró en aspectos de fomento de la cultura y protección de monumentos. En 1849 la reina Isabel II otorgó un nuevo estatuto a las reales academias nacionales. Con este, se equiparó a la academia sevillana con las reales academias de otras provincias y pasó a ser delegada en la defensa del patrimonio artístico de la Academia de Bellas Artes de San Fernando de Madrid. En 1940 un decreto creó las escuelas superiores de Madrid (San Fernando), Barcelona (San Jorge), Valencia (San Carlos) y Sevilla (Santa Isabel de Hungría).8​ La Escuela Superior de Santa Isabel de Hungría ofrecía una formación superior a la de la Escuela de Artes Aplicadas y Oficios Artísticos de Sevilla.3​ En 1970 la Ley General de Educación integró estas enseñanzas en las universidades.
En el siglo XX tuvo su sede en el antiguo convento de la Merced, donde se encuentra el Museo de Bellas Artes de Sevilla. En 1980 trasladó su sede a la casa de los Pinelo. Comparten el lugar con la Real Academia Sevillana de Buenas Letras.