Este fondo constituye una fuente fundamental para la historia del Colegio, e indirectamente para la de la Universidad de Sevilla, dado el control (era el dueño del edificio y de las rentas) que el Colegio ejercía sobre la Universidad.
Destacaremos, respecto al funcionamientos del Colegio: los índices que corresponden a “Libros de Autos Capitulares del Colegio Mayor de Santa María de Jesús”, que no están en el Archivo Histórico; los libros de gastos ordinarios y extraordinario; los autos judiciales, la correspondencia, etc.
En cuanto a la información sobre rectores, colegiales, familiares, etc., destacar por su interés el libro “Memoria de los Colegiales que ha habido en esta Santa Casa y Colegio Mayor de Santa María de Jesús, Universidad de Sevilla, desde el año de 1518 hasta 1782”. En él se recopila la información que sobre cada uno de los colegiales, consta en los documentos existentes en el Archivo del Colegio, y en algunos casos, sobre su trayectoria posterior.
Destacar también los Expedientes de Pruebas Legitimidad y Limpieza de Sangre de los Colegiales y Familiares, que se comenzaron a exigir a partir de las modificaciones introducidas, tras la muerte de Maese Rodrigo, en las Constituciones del Colegio por el Maestro Navarro.