Este fondo constituye una fuente fundamental para la historia del Colegio, e indirectamente para la de la Universidad de Sevilla, dado el control (era el dueño del edificio y de las rentas) que el Colegio ejercía sobre la Universidad.
Destacaremos, respecto al funcionamientos del Colegio: los índices que corresponden a “Libros de Autos Capitulares del Colegio Mayor de Santa María de Jesús”, que no están en el Archivo Histórico; los libros de gastos ordinarios y extraordinario; los autos judiciales, la correspondencia, etc.
En cuanto a la información sobre rectores, colegiales, familiares, etc., destacar por su interés el libro “Memoria de los Colegiales que ha habido en esta Santa Casa y Colegio Mayor de Santa María de Jesús, Universidad de Sevilla, desde el año de 1518 hasta 1782”. En él se recopila la información que sobre cada uno de los colegiales, consta en los documentos existentes en el Archivo del Colegio, y en algunos casos, sobre su trayectoria posterior.
Destacar también los Expedientes de Pruebas Legitimidad y Limpieza de Sangre de los Colegiales y Familiares, que se comenzaron a exigir a partir de las modificaciones introducidas, tras la muerte de Maese Rodrigo, en las Constituciones del Colegio por el Maestro Navarro.

El fondo de la Universidad libre de Córdoba es fundamental para conocer la historia de esta institución. Destacan: la serie completa de expedientes académicos de la Facultad de Derecho y la de Medicina; los libros registro que testimonian su actividad académica, y la correspondencia recibida de distintas instituciones políticas y académicas de la ciudad de Córdoba y del Distrito Universitario de Sevilla.

La antigua Facultad Libre de Farmacia de Cádiz (1871-1875)
En 1870 el Ayuntamiento de Cádiz, bajo el mandato del Alcalde Juan Valverde Cubells, solicitó la constitución de una Facultad de Farmacia en la ciudad, lo que se concedió, aunque tuvo corta vida. En 1875 se desestimó darle el carácter de enseñanza pública y desapareció.
Ubicada en los locales de la Facultad de Medicina, fue dotada de un completo laboratorio para las prácticas de los alumnos.
En el primer curso, 1871-1872, se ofertó 6 matrículas gratuitas para alumnos “pobres de solemnidad”. Su plantilla la componían 6 catedráticos, entre ellos el que fue su director Juan Bautista Chape y Fernández. El pago de los emolumentos del personal, el arriendo del local y los gastos de material de laboratorios suponían anualmente 32.175 pesetas a costa del municipio, según consta en el libro de Gloria Espigado “Aprender a leer y escribir en el Cádiz del ochocientos”.

Expedientes académicos de alumnos y correspondencia. En la relación de entrega, se relaciona, además, 1 libro registro de matrícula y 1 libro registro de títulos.

Expedientes académicos de alumnos.

Inscripciones de matrículas y actas de exámenes de enseñanza oficial, libre y doméstica correspondientes a cursos académicos. Falta en todas la asignaturas el curso el curso 1885-1886

Documentos referidos, exclusivamente, a la gestión del Internado del Instituto de Villafranca de los Barros.

El fondo documental de la Escuela de Comercio de Sevilla, constituido por los documentos producidos y recibidos por esta institución en el ejercicio de sus competencias, nos ha llegado casi en su totalidad, aunque hay que destacar la escasez de documentación económica hasta mediados del siglo XX.
Contiene series completas como: Actas de la Junta de Profesorado; Libros Registro de entrada y salida de correspondencia; Expedientes personales del personal docente y no docente; Libros Registro de matrículas, Expedientes académicos de Alumnos, etc.
Constituye el testimonio de la actividad desarrollada por esta institución en su más de un siglo de existencia, siendo imprescindible para el conocimiento de la propia institución, y el de gran cantidad de personalidades de relevancia en la vida económica y comercial de Sevilla, que estudiaron y se formaron en él.
En el Archivo se conservan más de 25000 expedientes académicos de alumnos.