Entre los documentos del Colegio de San Telmo destacan los referidos al gobierno del mismo (libros de acuerdos y ordenes); a su administración (correspondencia, personal); a los colegiales y porcionistas (recepción y salida de los mismos, informaciones de limpieza de sangre). Otro grupo lo constituyen los libros de Cuentas, de un valor inestimable para la historia de la economía del Colegio y en los que a veces aparecen reseñados datos como las cantidades e ingredientes de las comidas y medicamentos, que
nos dan una idea bastante exacta de la vida en aquella época. Como curiosidad reseñar la existencia de 1 legajo con acciones de la Real Compañía de Filipinas, pertenecientes al Real Colegio de San Telmo.
De la Cofradía de Nuestra Señora del Buen Aire se conservan los Libros de Recepción de Hermanos de 1556 a 1789.
De la Universidad de Mareantes destacar el Libro de Acuerdos de la Universidad de Mareantes y los Libros con las Informaciones que presentan los capitanes, dueños, maestres de los navíos mercantes de la carrera de Indias para acreditar su naturaleza y los Acuerdos para matricular a los mismos en la Universidad de Mareantes.